政府相關部門在去年9月10日知悉事件後一直監察港鐵公司進行的技術調查，包括檢視有關新信號系統的數據記錄、審視有關技術文件及軟件編碼、參與事件重演及相關測試以確認事件成因，以及審視改善措施。相關部門現已完成審視報告。

委員會認為「重複設定行車路線」不涉及安全問題，但影響服務的可靠性。報告亦指出港鐵公司在察悉到軟件運作有機會令行車路線與原定路線不同而沒有及時進行更詳細的調查是一個判斷上的失誤。

政府認為港鐵公司作為沙中線的項目管理人，並具有多年鐵路營辦的經驗，理應能及時評估事件可能引致的後果，適時跟進，包括進行更透徹的調查及作出內部上報，並向政府通報。事件導致暫緩東鐵線新信號系統及新列車轉換安排，並可能引致東鐵線過海段的延誤，政府表示非常失望，並保留追究港鐵公司的權利。

至於委員會提出的改善措施，政府已敦促港鐵公司盡快落實，並會密切監察其實施進度及成效。政府亦期望港鐵公司將成立由行政總裁督導的沙中線項目保證監督組，以及落實其他改善措施，能有效監督公司內部各司其職，以確保項目順利推展。

事件發生後，港鐵公司向政府報告已修改導致事件發生故障的軟件程式及按政府要求就新信號系統提交服務可靠性報告予相關部門審閱。經嚴格審核及多番測試，政府相關部門確認東鐵線新信號系統及新九卡列車安全及良好，可以投入服務。機電工程署已於今日(2月1日)向港鐵公司發出相關通知書。

港鐵公司計劃東鐵線新信號系統及新九卡列車於本周六(2月6日)投入服務，並逐步取代現有12卡列車。政府會繼續監察新信號系統、新列車及新舊列車並行的營運情況，以確保鐵路安全可靠。